Para instalarlos:

sudo apt-get install chkrootkit rkhunter

Una vez instalados vamos a empezar con el Rootkit Hunter. Lo primero es actualizarlo a la última versión:

sudo rkhunter --update

Después de actualizados podemos empezar con el test:

sudo rkhunter --checkall

Nos presentará un completo informe con el resultado de los análisis y probablemente hará alguna sugerencia.

Después podemos probar con el chkrootkit:

sudo chkrootkit

Aún así no es seguro que estemos 100% libres de troyanos, rootkits y demás basura pero por lo menos nos dejará una cierta tranquilidad .